Nenek Kebaya bermula dengan kisah purba mengenai tuduhan percintaan cucu Mak Inang, Indera Laksamana dengan Puteri Sinar Cahaya diketahui oleh Raja Negara Kembayat Cahaya. Indera Laksamana sudahpun bertunang dengan cucu angkat Mak Inang , Intan Sari yang kemudiannya memusuhi Puteri Sinar Cahaya kerana dianggap perampas kekasihnya.

Dendam mula membara apabila Sultan menjatuhkan hukuman mati kepada Indera Laksamana kerana bermain cinta dengan puterinya yang ingin dinikahkan dengan Putera Wira Satria.

Mak Inang yang menjadi orang tengah dibutakan matanya dan dibuang ke tengah rimba. Intan Sari mengambil keputusan untuk membalas dendam atas kematian tunangannya itu dan dia telah menuntut ilmu daripada Sang Pertapa yang memiliki ilmu yang membawa kejahatan. Bagaimanapun, Intan Sari hanya mempunyai satu pilihan jika ingin membalas dendam iaitu terpaksa menunggu sehingga tujuh keturunan.